Direzione e uffici C.I.B.

Direzione CIB:
Prof. Claudio Schneider
Email: claudio.schneider@Lncib.it

Segreteria CIB:
Prof. Roberto Gambari
Email: roberto.gambari@unife.it

SEGRETERIA ORGANIZZATIVA:
Elisabetta Lambertini
Tel: 0532/974451
Fax: 0532/974484
E-mail: lmblbt@unife.it

AMMINISTRAZIONE:
Vanessa Florit
Area di Ricerca
Padriciano, 99 - 34012 Trieste
Tel: 040/398979
Fax: 040/398990
E-mail: cib@lncib.it

Posta certificata C.I.B.:
cib@poste-certificate.it

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Pesole Graziano Stampa
RESPONSABILE DELLA U. O.

Cognome e Nome Pesole Graziano
Qualifica Professore Ordianrio
Dipartimento Bioscienze, Biotecnologie e Scienze Farmacologiche
Settore Scientifico Disciplinare BIO/11
E-mail Questo indirizzo e-mail è protetto dallo spam bot. Abilita Javascript per vederlo.

PERSONALE STRUTTURATO

Cognome e Nome Volpicella Maria Teresa
Qualifica Ricercatore
Dipartimento Bioscienze, Biotecnologie e Scienze Farmacologiche
Ente di appartenenza Università di Bari
Cognome e Nome D'Erchia Anna Maria
Qualifica Ricercatore
Dipartimento Bioscienze, Biotecnologie e Scienze Farmacologiche
Ente di appartenenza Università di Bari
Cognome e Nome
Picardi Ernesto
Qualifica
Ricercatore
Dipartimento
Bioscienze, Biotecnologie e Scienze Farmacologiche
Ente di appartenenza
Università di Bari
Cognome e Nome Pepe Gabriella
Qualifica Professore Associato
Dipartimento Bioscienze, Biotecnologie e Scienze Farmacologiche
Ente di appartenenza Università di Bari
Cognome e Nome Chimienti Valentina
Qualifica Ricercatore
Dipartimento Bioscienze, Biotecnologie e Scienze Farmacologiche
Ente di appartenenza Università di Bari
Cognome e Nome De Giorgi Carla
Qualifica Professore Associato
Dipartimento Bioscienze, Biotecnologie e Scienze Farmacologiche
Ente di appartenenza Università di Bari

PERSONALE NON STRUTTURATO

Cognome e Nome Leoni Claudia
Qualifica Borsista
Dipartimento Bioscienze, Biotecnologie e Scienze Farmacologiche
Ente di appartenenza Università di Bari
Cognome e Nome Costanza Alessandra
Qualifica Dottoranda
Dipartimento Bioscienze, Biotecnologie e Scienze Farmacologiche
Ente di appartenenza Università di Bari
Cognome e Nome Fanizza Immacolata
Qualifica Dottoranda
Dipartimento Bioscienze, Biotecnologie e Scienze Farmacologiche
Ente di appartenenza Università di Bari
Cognome e Nome Manzari Cateria
Qualifica Assegnista
Dipartimento Bioscienze, Biotecnologie e Scienze Farmacologiche
Ente di appartenenza Università di Bari
Cognome e Nome MastroPasqua Francesca
Qualifica Dottoranda
Dipartimento Bioscienze, Biotecnologie e Scienze Farmacologiche
Ente di appartenenza Università di Bari
Cognome e Nome D'Antonio Mattia
Qualifica Dottorando
Dipartimento Bioscienze, Biotecnologie e Scienze Farmacologiche
Ente di appartenenza Università di Bari
Cognome e Nome Fosso Bruno
Qualifica Dottorando
Dipartimento Bioscienze, Biotecnologie e Scienze Farmacologiche
Ente di appartenenza Università di Bari
Cognome e Nome Valletti Alessio
Qualifica Assegnista
Dipartimento IBBE
Ente di appartenenza CNR

LINEE DI RICERCA

-Sviluppo di metodologie bioinformatiche per l'analisi di dati da piattaforme di sequenziamento massivo (NGS), l’annotazione di sequenze genomiche e la caratterizzazione di biomarcatori di condizioni patologiche.

-Sviluppo e aggiornamento di Banche dati specializzate di dati biomolecolari che includono: 1) UTRdb/UTRSsite, che colleziona sequenze non tradotte delle estremità 5° e 3° degli mRNA eucariotici ed i relativi elementi regolatori; 2) ASPicDB, che colleziona informazioni sul pattern di splicing alternativo di geni umani e di altri organismi.

-Studio del ruolo dell’RNA editing nelle patologie neurodegenerative quali SLA e Alzheimer, mediante l'identificazione dei siti soggetti a tale variazione post-trascrizionale attraverso l'analisi comparata di dati di sequenziamento massivo del trascrittoma provenienti da campioni post-mortem pazienti affetti da SLA o Alzheimer e relativi controlli.

-Identificazione di agenti infettivi associati all'insorgenza e la progressione della Sclerosi Multipla e altre patologie autoimmuni mediante sequenziamento su larga scala del trascrittoma di tessuti cerebrali post-mortem di pazienti affetti e controlli.

-Caratterizzazione tassonomica e genetico-funzionale del microbioma ambientale, in particolare di campioni agroalimentari, come quelli provenienti dalla filiera vitivinicola, e clinici, come l’intestino umano, e naturali, come il sedimento antartico, mediante l’estrazione diretta e analisi, supportata dalle piattaforme di sequenziamento massivo e di indagine bioinformatica avanzata, di tutto il materiale genetico presente in un determinato campione ambientale.

-Strategie di ‘“bioremediation” da metalli pesanti mediante l’identificazione nel batterio &. sphaeroides, dei geni coinvolti sui fenomeni di resistenza/tolleranza ad elevate concentrazioni di metalli pesanti nell'ambiente di crescita.

-Caratterizzazione di proteine di mais identificate come causa di allergie alimentari. Lo studio fornirà le informazioni necessarie per successive applicazioni in campo diagnostico e terapeutico di tali proteine. -Ruoli fisiopatologici delle lipoproteine, in particolare della lipoproteina LDL-like Lp(a) come fattore di rischio per patologie cardiovascolari e neuronali.

-Studio di polimorfismi genetici, isoforme proteiche e della loro eventuale interazioni con modificazioni delle abitudini alimentari nella eziologia di patologie di tipo infiammatorio acuto o cronico del sistema nervosa, gastrointestinale e vascolare.

-Studio della regolazione della espressione di geni eucariotici mediante silenziamento di geni omologhi in C. elegans


TECNOLOGIE IN POSSESSO DELL'U. O.

  • Clonaggio
  • espressione ed analisi di proteine
  • Genome walking
  • Sequenziamento NGS
  • Real Time PCR
  • Phage display
  • Analisi Bioinformatica
  • Genomica comparata ed evoluzione molecolare
  • RNAi in C. elegans

STRUMENTAZIONE

Denominazione
Struttura ove la strumentazione è allocata
Responsabile della strumentazione
Lettore Elisa
ex Dipartimento di Biochimica e Biologia Molecolare
Prof. Cantatore
Chemidoc gel System Biorad ex Dipartimento di Biochimica e Biologia Molecolare Prof. Cantatore
Strumentazione per elettroforesi bidimensionale ex Dipartimento di Biochimica e Biologia Molecolare Prof. Cantatore
Strumentazione per colture batteriche, lieviti ed eucariotiche ex Dipartimento di Biochimica e Biologia Molecolare Prof. Cantatore
MISEQ IBBE-CNR Prof. Pesole
Microscopio confocale IBBE-CNR Prof. Pesole

PUBBLICAZIONI

  1. Picardi E, Pesole G. Mitochondrial genomes gleaned from human whole-exome sequencing. Nat Methods. 2012 May 30;9(6):523-4.
  2. Caratozzolo MF, Micale L, Turturo MG, Cornacchia S, Fusco C, Marzano F, Augello B, D'Erchia AM, Guerrini L, Pesole G, Sbisà E, Merla G, Tullo A. TRIM8 modulates p53 activity to dictate cell cycle arrest. Cell Cycle. 2012 Feb 1;11(3):511-23.
  3. Pirola Y, Rizzi R, Picardi E, Pesole G, Della Vedova G, Bonizzoni P. PIntron: a fast method for detecting the gene structure due to alternative splicing via maximal pairings of a pattern and a text. BMC Bioinformatics. 2012 Apr 12;13 Suppl 5:52.
  4. Picardi E, D'Antonio M, Carrabino D, Castrignanò T, Pesole G. ExpEdit: a webserver to explore human RNA editing in RNA-Seq experiments. Bioinformatics. 2011 May 1;27(9):1311-2.
  5. Martelli PL, D'Antonio M, Bonizzoni P, Castrignanò T, D'Erchia AM, D'Onorio De Meo P, Fariselli P, Finelli M, Licciulli F, Mangiulli M, Mignone F, Pavesi G, Picardi E, Rizzi R, Rossi I, Valletti A, Zauli A, Zambelli F, Casadio R, Pesole G. ASPicDB: a database of annotated transcript and protein variants generated by alternative splicing. Nucleic Acids Res. 2011 Jan;39(Database issue):D80-5.
  6. Volpicella M, Leoni C, Fanizza I, Rius S, Gallerani R, Ceci LR. Genome Walking by Klenow Polymerase. Anal Biochem. 2012 Aug 23.
  7. Leoni C, Volpicella M, De Leo F, Gallerani R, Ceci LR. Genome walking in eukaryotes. FEBS J. 2011 Nov;278(21):3953-77.
  8. Chimienti G, Aquilino F, Rotelli MT, Russo F, Lupo L, Pepe G. Lipoprotein(a), lipids and proinflammatory cytokines in patients undergoing major abdominal surgery. Br J Surg. 2006 Mar;93(3):347-53. PubMed PMID: 16498607.
  9. Russo F, Riezzo G, Chiloiro M, De Michele G, Chimienti G, Marconi E, D'Attoma B, Linsalata M, Clemente C. Metabolic effects of a diet with inulin-enriched pasta in healthy young volunteers. Curr Pharm Des. 2010;16(7):825-31. PubMed PMID: 20388093.
  10. Liuzzi Vania C., Giancaspero Teresa A., Gianazza Elisabetta, Banfi Cristina, Barile Maria and Carla De Giorgi (2012) Silencing of FAD synthase gene in Caenorhabditis elegans upsets protein homeostasis and impacts on complex behavioral patterns. Biochimica et Biophysica Acta 1820, 521-531


DOTTORATI DI RICERCA

Componente U.O. Dottorato di Ricerca Coordinatore Sede
Pesole Graziano
Biochimica, Biologia Molecolare e Bioinformatica
Cantatore Palmiro
Bari
Volpicella MariaTeresa Biochimica, Biologia Molecolare e Bioinformatica Cantatore Palmiro Bari
D'Erchia Anna Maria Biochimica, Biologia Molecolare e Bioinformatica Cantatore Palmiro Bari
Picardi Ernesto Biochimica, Biologia Molecolare e Bioinformatica Cantatore Palmiro Bari
Chimienti Guglielmina Biochimica, Biologia Molecolare e Bioinformatica Cantatore Palmiro Bari
De Giorgi Carla Biochimica, Biologia Molecolare e Bioinformatica Cantatore Palmiro Bari

CONGRESSI C.I.B.

Congressi Partecipazione
CNB3
SI
CNB2
SI
CNB9 SI
CNB10 SI
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